Le fongarium de l’Université de Montréal, auparavant nommé Fongarium du Cercle des mycologues de Montréal, est une collection créée en 1988. Sur une période de vingt ans, jusqu’en 2008, Yves Lamoureux, mycologue indépendant et conseiller scientifique du Cercle des mycologues de Montréal (CMM) développe le fongarium, aidé de mycologues amateurs, membres du CMM ou non. Lors de son intégration au Centre sur la biodiversité en 2011, le Fongarium CMMF réunit quelque 5000 spécimens séchés de macromycètes (macrofungi) photographiés à l’état frais et représentant 2000 espèces.

Par la suite, le Fongarium s’enrichit de plusieurs collections privées (mycologues amateurs) et institutionnelles (Centres de recherche et universités) pour atteindre 30 000 spécimens, principalement des macrofungi, mais également quelques milliers de spécimens de champignons phytopathogènes, de lichens et de myxomycètes (Amoebozoa) du Québec, et des provinces et états voisins. Plus de la moitié des données sur les macrochampignons et myxomycètes incluent des photos des spécimens à l’état frais, ainsi que des centaines de microphotographies.

Plus tard, le Fongarium s’est enrichi d’environ 2400 spécimens de lichens du sud du Québec provenant principalement des collections privées d’Arold Lavoie et Janie Collin (https://lichens.quebec/).